整体配置还可以，显卡集显的是差了点，不知道你的显卡插口是不是16X的，因为945GC算是比较低的了，如果是16X的，你可以随意加显卡了，但充顶不要超过9600GT，超过的话就浪费显卡了，这配置还算主流，目前主流的真512M显存的DDR3的9600GT有好几个品牌都是打特价499，七彩虹铭宣盈通都有，PS：不要听从商家建议买TC512M的，那些实际显存只有128M

想给电脑配个独立显卡，不知道怎么搭配

你这是服务器主板。性能一般。建议更换像GTX550,GTX560,GTX650这样的中高端显卡，或者是GT430,GT640,GT630,GT540这样的低端显卡（为了游戏）。另外如果想要较好的显卡，就要注意电源的功率是否足够。
按理说如果这台机器是为了进行计算或者干一些通用计算的话，就要用NVIDIA Tesla显卡。这一点的可能性较小。如果是这样的需求的话，再告诉我。
如果是为了进行专业绘图，可以用NVIDIA Quadro。
另外，如果想要更好的游戏体验建议升级内存到4GB。CPU够用。显卡用我说的那样就可以了。如果要更高档的显卡的话，就需要更换整机。

最佳独立显卡的配置

因为不知道你的预算，和你的CPU还是有不错的超频能力，所以给你两套方案，如果CPU不超频，GT240或HD5670是不错的选择，如果是把CPU超频使用，那么GTS250和HD5750是个不错的选择。终置于更高级的显卡就没必要了，你的CPU会拖后腿。